
La Academia está regida por una Junta de Gobierno, con poder delegado por la Junta General y constituida por: Presidente de Honor, Presidente, Vicepresidente, Secretario, Vicesecretario, Bibliotecario, Tesorero y los Presidentes de las Secciones. Actualmente sus miembros son:
| Rodríguez Villanueva, Julio | Presidente de Honor | |
| Miras Portugal, Mª Teresa | Presidente | |
| Martínez Fernández, Antonio R. | Vicepresidente | |
| Ribas Ozonas, Bartolomé | Secretario | |
| Ortiz Melón, José Miguel | Vicesecretario | |
| Ortega Ortíz de Apodaca, Fidel | Tesorero | |
| Puerto Sarmiento, Javier | Bibliotecario | |
| Monge Vega, Antonio | Presidente Sección | Química y Física (1ª) |
| Martínez Fernández, Antonio R. | Presidente Sección | Biología, Biotecnología y Farmacogenómica (2ª) |
| Jiménez Torres, Víctor | Presidente Sección | Tecnología Farmacéutica (3ª) |
| Tamargo Menéndez, Juan | Presidente Sección | Farmacología y Farmacoterapia (4ª) |
| Esteban Rodríguez, Mariano | Presidente Sección | Salud Pública, Alimentación y Medio Ambiente (5ª) |
| Nombela Cano, César | Presidente Sección | Historia, Legislación y Bioética (6ª) |
| Antonio L. Doadrio Villarejo | Director servicios informáticos |